Il veut cependant que demeure établie la différence d‘avec l’institution du mariage. Le Conseil de la FEPS comme la majorité des Églises protestantes de Suisse, souligne qu’il faut absolument conserver une nette différence entre mariage et partenariat de personnes de même sexe. Toutefois, comme le dit encore le texte de la prise de position, «une discrimination juridique de tels partenariats ne peut se justifier sur le plan éthique». Même ceux qui refusent les relations homosexuelles doivent accepter qu'il existe des personnes vivant en partenariat avec une personne de même sexe. Ces partenariats constituent un mode de vie autonome. Pour l’adoption, la FEPS est d’accord avec la réglementation selon laquelle les personnes vivant en partenariat enregistré sont exclues de la possibilité d‘adopter. Le Conseil souligne simultanément que cela laisse ouvertes certaines questions juridiques. Afin que toute situation soit dans son ensemble considérée du point de vue du bien de l’enfant, le Conseil demande au Département de justice et police de tenir compte de cette question dans la loi d’application.