Il est sous le coup de deux actes d'accusation portant sur les massacres de Tutsis. Il est accusé d'avoir donné l'ordre de détruire le toit de l'église de Murambi où un grand nombre de Tutsis avaient trouvé refuge. Le transfert d'Elizaphan Ntakirutimana intervient au terme d'une bataille juridique qui aura duré trois ans et au cours de laquelle son avocat a notamment plaidé l'inexistence d'un traité d'extradition entres les USA et le TPIR.