Le Conseil oecuménique des Eglises (COE) - qui compte plus de 340 Eglises protestantes et orthodoxes dans le monde - a lancé un appel exhortant les Etats-Unis et le Royaume-Uni à « mettre fin rapidement à cette action », demandant aux autres nations de ne pas s'y associer. « Nous ne croyons pas que la guerre, en particulier dans notre monde actuel, doté d'une technologie très avancée, puisse jamais être considérée comme une réponse efficace au fléau du terrorisme », a souligné Georges Lemopoulos, secrétaire général intérimaire du COE, dans une déclaration du 8 octobre. Georges Lemopoulos attire l'attention sur le sort des communautés musulmanes et d'autres autres communautés religieuses qui, « en dépit des dénégations du président Bush et du premier ministre Blair, vont probablement se sentir visées par cette action militaire et celles qui devraient suivre. » Aux Etats-Unis, H. George Anderson, évêque président de l'Eglise évangélique luthérienne d'Amérique, a rappelé aux chrétiens qu'ils avaient la tâche de trouver des solutions de rechange à la guerre. A New York, des milliers de manifestants contre la guerre se sont rassemblés le 7 septembre pour un service inter-religieux à Union Square, le parc public devenu un lieu de recueillement pour les habitants après les attentats du 11 septembre. Au Royaume-Uni, l'archevêque de Cantorbéry, George Carey, ainsi que d'autres responsables religieux, ont participé à une rencontre avec le premier ministre britannique, Tony Blair, le 8 octobre. Peu après, George Carey, leader de la Communion anglicane mondiale, a publié une déclaration au nom du groupe soulignant que la crise "n'est pas, et ne doit pas être un affrontement entre religions - ou avec une religion particulière".

Le pasteur Ishmael Noko, secrétaire général de la Fédération luthérienne mondiale (FLM) qui regroupe 133 Eglises dans 73 pays, a souligné que « l'action militaire doit aussitôt que possible être remplacée par des efforts constructifs à d'autres niveaux. Une campagne militaire ne peut être soutenue sans engendrer un conflit plus vaste, qui pourrait facilement échapper à tout contrôle », a-t-il encore ajouté. De son côté, le pasteur Setri Nyomi, secrétaire général de l'Alliance réformée mondiale (ARM), qui compte plus de 200 Eglises à travers le monde, a exhorté les croyants de toutes religions « à chercher les moyens de surmonter la violence. »