Ainsi, en 1312, le concile de Vienne fait sienne une conception dite hylomorphique de la nature humaine. Celle-ci, remonte à la thèse de « l’animation médiate » de Saint Thomas d’Aquin : l’âme n’est unie au corps qu’à la moitié de la grossesse. L’avortement durant les trois premiers mois n’est donc pas un péché, puisqu’on ne peut tuer ce qui n’a pas de conscience individuelle. Ce postulat s’oppose à celui de Saint Basile, pour qui l’âme est unie au corps dès la conception. A l’autre extrême, se trouve l’affirmation de Saint Augustin selon laquelle seule la première respiration unit l’âme au corps.

En 1588, le pape Sixte-Quint publie la bulle « Effraenantum » qui condamne tous les formes d’avortements sous peine d’excommunication. Trois ans plus tard, le pape Grégoire XIV annule les dispositions de son prédécesseur. Rome a parlé, mais cette fois dans l’autre sens, et ce sont les adversaires de l’animation médiate qui se voient bannis de la chrétienté.

Il faudra attendre 1869 pour que Pie IX supprime la distinction entre avortement durant les trois premiers mois de l’interruption de grossesse pratiquée durant les derniers. Cette théorie de l’animation immédiate sera maintenue par l’Eglise catholique romaine jusqu’à nos jours. Avec une conséquence peu connue : tout avortement se voit depuis lors puni d’une excommunication automatique, c’est à dire sans qu’il soit besoin qu’un membre du clergé en ait eu connaissance. Un cas quasiment unique dans le droit canon.